IP/CO-IP

免疫沉淀是用于抗原检测和纯化的最广泛使用的方法之一。免疫沉淀（IP）的原理为：针对特定靶蛋白的抗体与样品（细胞裂解物等）中的靶蛋白形成免疫复合物，随后利用Protein A-磁珠或Protein G-磁珠将该免疫复合物从混合物中沉淀下来。最后将靶蛋白从磁珠上洗脱（如果抗体没有共价连接到磁珠上或使用变性缓冲液进行洗脱，抗体也会被洗脱下来），并通过SDS-PAGE，Western Blot等手段对洗脱下来的蛋白进行分析。

Co-IP是免疫沉淀的延伸，主要用于蛋白-蛋白相互作用检测。Co-IP的原理是基于IP反应捕获和纯化靶蛋白，如果样品溶液中存在与靶蛋白相互作用的目的蛋白，也会被一同捕获及纯化得到，随后利用SDS-PAGE，Western Blot等手段对得到的目标蛋白进行分析（查看详细Co-IP实验原理）。

两者之间的差距，主要是IP专注于结合抗体的主要靶标（Co-IP中的诱饵蛋白），而Co-IP则是靶向次要靶标（与诱饵蛋白互作的蛋白）。免疫共沉淀得到的是诱饵蛋白及其互作蛋白的复合物，可以用于检测和鉴定天然状态蛋白质之间的相互作用。

免疫共沉淀优缺点：

优点

(1)相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的,处于天然状态;

(2)蛋白的相互作用是在自然状态下进行的,可以避免人为的影响;

(3)可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。

缺点

(1)可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质-蛋白质相互作用;

(2)两种蛋白质的结合可能不是直接结合,而可能有第三者在中间起桥梁作用;

(3)必须在实验前预测目的蛋白是什么,以选择最后检测的抗体,所以,若预测不正确,实验就得不到结果,方法本身具有冒险性。

(4)灵敏度没有亲和色谱高