│IF16.6 Nature Communications│利用高通量全长单细胞RNA测序检测卵巢癌亚型和基因组改变│IF16.6 Nature Communications│利用高通量全长单细胞RNA测序检测卵巢癌亚型和基因组改变 配图： 总述： 癌症是一种以基因组和转录组改变为特征的复杂疾病，推动多种促进肿瘤发展的能力或特征。除其他外，这些改变包括点位突变、插入和删除、基因组层面上的基因融合以及转录组层面上的连接同位素。癌症的复杂性使得我们对其背后的机制和变异性了解有限。为了更好地了解癌症的发展和治疗，研究人员需要单细胞分辨率的基因型表型信息。在这方面，长读单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术成为了一种强大的工具。在研究中，研究人员选择了3例出现大网膜转移的卵巢癌患者的临床样本进行了scRNA-seq。为了提高测序深度和准确性，研究人员采用了PacBio测序技术，并将每个细胞的读长增加到12000。通过这种方法，研究人员成功捕获了152,000种同种异构体，其中超过52,000种以前没有被报道过。在对这些数据进行分析时，研究人员发现了一些有趣的结果。首先，研究人员考虑了非编码亚型的同工型水平分析，并发现蛋白质编码基因的表达平均高估了20%，这一发现提示了在研究蛋白质编码基因时需要更加谨慎，以避免误解结果。并且研究人员还对肿瘤和间皮细胞中的细胞类型特异性亚型和多聚腺苷化位点的使用进行了检测。研究人员发现，在转移过程中，间皮细胞可以转化为癌症相关的成纤维细胞，这种转化部分是通过TGF-β/miR-29/胶原轴实现的。这一发现有助于研究人员更好地理解癌症的发展过程，并为开发新的治疗策略提供了新的线索。此外，研究人员还鉴定了一些基因融合事件，其中包括一个实验验证的IGF2Bp2::TESPA1融合事件，这一发现提示了长读scRNA-seq在检测基因融合事件方面的潜力。研究表明这种技术为精确肿瘤学领域提供的多方面优势和新机遇,打开了个性化药物预测和新抗原检测用于癌症疫苗的前提。 引用文献：Dondi, Arthur., Dondi, Arthur., Lischetti, Ulrike., Lischetti, Ulrike., Jacob, Francis.. Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer. Nature communications, 2023, . https://doi.org/10.1038/s41467-023-43387-9 |
