│IF16.6 Nature Communications│PENGUIN为增强子-启动子相互作用和PPI网络之间的复杂相互作用提供了见解

│IF16.6 Nature Communications│PENGUIN为增强子-启动子相互作用和PPI网络之间的复杂相互作用提供了见解

配图：

总述：增强子-启动子(enhancer-promoter，E-P)相互作用在协调基因表达和确保细胞过程的适当调节中起着至关重要的作用。DNA结合蛋白(DNA-binding proteins，DBPs)，包括转录因子(transcription factors，TFs)，通过与增强子结合并在增强子和启动子之间桥接额外的蛋白质相互作用，在这个调控网络中扮演关键角色。本文介绍了一种研究增强子-启动子相互作用中蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络的方法--启动子-增强子引导的相互作用网络(promoter-enhanced-guide interaction networks，PENGUIN)。PENGUIN将H3K27ac-Hi ChIP数据与组织特异性PPIs整合，定义增强子-启动子PPI网络(EPINs)。使用前列腺癌(LNCa P )和良性前列腺(LHSAR)细胞系验证了PENGUIN。分析检测到EPIN簇富集了结构蛋白CTCF，CTCF是增强子-启动子相互作用的调节剂。CTCF的存在与前列腺癌(prostate cancer，PrCa)在同一EPIN簇中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)的流行相关联，提示其在PrCa中的功能意义。在CTCF和Pr Ca SNPs同时富集的EPINs中，发现了癌基因的富集。通过CRISPR/Cas9敲除和RNAi筛选实验对鉴定到的SNP进行了验证。在这里，展示了PENGUIN为增强子-启动子相互作用和PPI网络之间的复杂相互作用提供了见解，这对于识别关键基因和潜在的干预靶点至关重要。

引用文献：Armaos A, Serra F, Núñez-Carpintero I, Seo JH, Baca SC, Gustincich S, Valencia A, Freedman ML, Cirillo D, Giambartolomei C, Tartaglia GG. The PENGUIN approach to reconstruct protein interactions at enhancer-promoter regions and its application to prostate cancer. Nat Commun. 2023 Dec 6;14(1):8084.https://doi.org/10.1038/s41467-023-43767-1.