IF 16.6 Nature Communications│PENGUIN方法重建增强子-运动区的蛋白质相互作用及其在前列腺癌症中的应用IF 16.6 Nature Communications│PENGUIN方法重建增强子-运动区的蛋白质相互作用及其在前列腺癌症中的应用 配图：
总述：介绍了一种名为PENGUIN（启动子-增强子引导的相互作用网络）的创新方法，它专门用于研究增强子-启动子相互作用中的蛋白质-蛋白质相互作用网络。 PENGUIN结合了H3K27ac-HiChIP数据和组织特异性的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI），以定义增强子-启动子PPI网络（EPINs）。在癌症（LNCaP）和良性（LHSAR）前列腺细胞系中验证了PENGUIN方法的有效性，研究人员分析揭示了EPIN簇中结构蛋白CTCF的丰富性，CTCF是已知的增强子-启动子相互作用的关键调节因子。值得注意的是，CTCF的存在与EPIN簇中前列腺癌（PrCa）单核苷酸多态性（snp）的患病率显著相关联，这表明CTCF在PrCa中具有功能意义。通过CRISPR/Cas9敲除和RNAi筛选的实验方法，验证了所识别的SNP。 此外，在显示CTCF和PrCa SNP富集的EPINs中，还发现了癌基因的富集。这一发现为识别关键基因和潜在的干预靶点提供了重要线索。PENGUIN方法的提出，不仅为理解增强子-启动子相互作用和PPI网络之间的复杂关系提供了新的视角，而且为前列腺癌等疾病的研究和治疗开辟了新的途径。该方法的应用，将极大地促进在生命科学领域的研究，特别是在基因调控机制和疾病发生过程中的基因网络分析方面。通过这种方法，不仅可以更深入地理解疾病的分子机制，还可以发现新的治疗靶点，从而为疾病的预防和治疗提供更为精准和有效的策略。 总的来说，PENGUIN方法的开发是生物医学研究领域的一个重大突破，将对未来的生物医学研究和临床应用产生深远影响。 引用文献：Armaos, A., Serra, F., Núñez-Carpintero, I. et al. The PENGUIN approach to reconstruct protein interactions at enhancer-promoter regions and its application to prostate cancer. Nat Commun 14, 8084 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-43767-1 |
