单细胞转录组测序10x Genomics 单细胞转录组测序技术优势 •通量高：一次可以同时测8个样本，每个样本最多可以检测到上万个细胞。 •周期短：17分钟内完成上万个细胞封装，一天之内完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库。 •捕获效率高：细胞捕获效率高达65 %。 •应用范围广：动物细胞和植物细胞均可以进行单细胞测序，已广泛应用于肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测和胚胎发育研究等。
10x Genomics 单细胞转录组测序技术原理 10x Genomics的Chromium系统利用8通道的微流体“双十字”交叉系统，将含barcode的凝胶珠（Gel Beads）、细胞和酶的混合物、油三者混合，形成GEMs（油包水的微体系）GEMs形成后，细胞裂解，凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列。 随后mRNA逆转录产生带有10× barcode和UMI信息的cDNA，构建标准测序文库。
应用方向 •细胞图谱的构建； •细胞异质性及组织微环境研究； •免疫调控研究； •神经分化发育研究； •疾病机制研究； •药物动力学研究。
结果展示
细胞分化轨迹分析示例图
细胞亚群鉴定示例图
tSNE降维聚类分析示例图
样本要求 单细胞悬液质量对于单细胞实验成功和数据结果好坏起着决定性作用，因此对于前期样本质量要求极高。 （一）细胞样本 1、细胞总量: 最初解离出的的细胞悬液，样本细胞起始量建议大于1X105个，若是准备10X 仪器捕获前的细胞，建议最少细胞量是目标捕获细胞数的3-4 倍;2、细胞浓度: 700-1200 细胞 /ul; 3、细胞活性: 细胞活性建议 85% 以上; 4、细胞直径: 细胞直径小于 40um (7-30um) ; 5、细胞悬液碎片率低于 10%，无细胞黏连; 6、细胞悬液无红细胞; 7、细胞培养基及缓冲液不含有 Ca2和 Mg等影响酶活性的物质， 8、植物、真菌样本需要制备成原生质体; 9、单细胞悬液需要在 30 分钟内进行标记操作，超过 30 分钟会影响细胞活性，且需要重新测定细胞活率及细胞浓度
（二）组织样本 1、提前与联川生物项目经理联系，获取组织保存液(2ml/ 样本，可根据组织块大小增加); 2、切取> 0.2g (黄豆大小) 新鲜组织，单块组织体积不能超过 0.5cm3,3、剔除坏死损伤组织; 4、将获取的组织用 1XDPBS 洗掉组织中的血液; 5、将清洗后的组织样本置于加满提前预冷的组织保存液的离心管中，使用封口膜将离心管封闭好，于 2~8°C保存/运输。
注意事项 1、防止样本干燥: 组织样本不允许在制备单细胞悬液前干燥。组织样本离体后立即使用1XDPBS 或生理盐水等不含 Ca 2、Mg 的溶液清洗后置于组织保存液中保存;2.避免热损伤:尽可能避免对样本造成局部热损伤，由于灼烧而造成的损伤通常是不可按回的。如不可避免的使用激光刀、电刀等样本采集工具，应剔除热损伤部分，以免对后续试验造成影响; 3、避免化学损伤:应避免消毒试剂或化学物质污染新鲜组织样本，因为新采集的组织样本表面很容易被外来试剂或化学物质渗透并损伤， 4、血液清洗:成熟红细胞无核，无细胞器，在单细胞转录组测序中无意义，细胞残留严重影响其它细胞的捕获效率，产生大量无效数据。因此需要在样本采集时应使用无 Ca2Mg~的细胞培养基、1XDPBS 或生理盐水对组织样本反复清洗，尽可能去除红细胞。
样本储存及运输 组织样本应浸没于组织保存液中，避光储存于2-8”C冰箱。从样本采集到实验前应不超过36小时。
1、填写《10X 单细胞转录组测序预约单》，发邮件并打印纸质版 2、组织保存液 2-8°C预冷， 3、组织保存液离心管管壁应使用油性记号笔填写样本编号、日期，下图A; 4、保存液中置入样本(组织应完全浸没于组织保存液》，封口膜封闭管口，装入自封袋中,下图B; 5、缓冲膜包表，防止样本直接接触冰袋引发冻结，下图C; 6、选择厚度不低于 3cm 的泡沫盒，底部先放入一部分冰袋，下图D; 7、放入样本与打印的《10X 单细胞转录组测序预约单》，下图E; 8、根据寄送距离与时间，选择合适大小的泡沫盒与不少于 4块冰袋，密封运输，注:需提前准备好冰袋，并避免冰袋从 -80，-20 冰箱拿出直接使用，否则会由于温度过低导致组织块结冰，引发组织损伤细胞调亡 9、盖上保温膜、棉絮 (冬天可选，防止温度过低) ，下图F;
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