空间转录组空间转录组是一种用于从空间层面上解析RMA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRMA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RMA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获职组织中具体位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。 技术应用 10x Genomics空间转录组技术可以应用于肿瘤、免疫、发育、神经和病理等研究方向 1、肿瘤学 肿瘤微环境、肿瘤异质性、病程进展、癌症形态、肿瘤浸润淋巴细胞 2、免疫学 免疫细胞漫润、免疫细胞中的基因表达特征、免疫群体的扩散 3、发育生物学 通过将基因表达直接定位到位置实现人类相关发现、发现组织背景中与形态形成有关的基因 4、神经科学 绘制大脑的各个细胞层、区分正常与患病的大脑解剖特征 5、病理学 通过添加基因表达维度得出形态学结论、通过基因表达了解可能发生假阴性/假阳性的位置 技术原理 10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots)，每个点的直径为55μm，点和点之间中心的距离为100μm，并且每个点都有一个唯一的barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRMA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。最后，根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。
技术优势 1. 广泛的样本适用性：适合大多数组织类型； 2. 简单的操作流程：一个工作日内可完成从组织切片到文库的工作流程； 3. 较高的分辨率：每个捕获区域包含 5000 个 spots，每个spots 捕获平均1-10个细胞； 实验流程 10x Visiun的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括CDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。具体实验流程如下： B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载破片上，并进行固定和透化，使细胞中的 RMA 得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。 C、逆转录和文库构建：以捕获的 RNA 为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。 D、高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。 E、数据可视化分析：结合E结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息 建库流程
分析内容 标准信息分析 1.读入据; 2.数据预处理; 3.基因表达可视化: 4.降维聚类及可视化; 5.交互式绘图可视化; 6.空间变量特征的识别; 7.可视化解剖区域的子集:粗略的取到皮层得到子集，过滤，取皮层细胞 高级信息分析 Omicsmart定制化 在线报告分析 送样要求 (1)物种范围：人、小鼠和大鼠，其他物种需评估决定； (2)样本类型：新鲜冷冻组织，OCT包埋组织； (3)样本质量检测：RIN≥7。 |
